星形胶质细胞样（AC 样）状态
Neftel 等描述的胶质母细胞瘤四种恶性状态之一（AC 样，星形胶质细胞样）。在 GlioState 对公开数据的再分析中，OPC 样与 AC 样细胞常与 MES…
1 条文献 · 2 个专题 · 2 条关系
实体与类型化关系
研究专题与文献库条目所涉及的 78 个实体，以及 51 条类型化关系。每条描述均引用文献库条目；低置信度关系已标出，待编辑复核。所有实体页均为待专家审阅的初稿。
细胞状态
胶质瘤单细胞研究中描述的反复出现的转录细胞状态。
胶质祖细胞样细胞
Couturier 等将成人 GBM 细胞与胎脑细胞比较，发现以胶质祖细胞样细胞为中心、保守的神经三谱系层级，其中含大多数增殖细胞。该层级与 Neftel 的 NPC…
1 条文献 · 1 个专题 · 1 条关系
间充质样（MES 样）状态
Neftel 等（2019）描述的胶质母细胞瘤四种反复出现的恶性细胞状态之一，另外三种为 NPC 样、OPC 样与 AC 样。文献库中的研究将向 MES…
2 条文献 · 3 个专题 · 11 条关系
神经祖细胞样（NPC 样）状态
Neftel 等描述的胶质母细胞瘤四种恶性状态之一，类似神经祖细胞；该研究中 CDK4 扩增倾向于 NPC 样状态。
1 条文献 · 2 个专题 · 3 条关系
少突胶质前体细胞样（OPC 样）状态
Neftel 等描述的胶质母细胞瘤四种恶性状态之一，类似少突胶质前体细胞；该研究中 PDGFRA 扩增倾向于该状态。H3K27M 胶质瘤的单细胞研究也描述了 OPC 样程序。
2 条文献 · 3 个专题 · 4 条关系
基因
在文献库细胞状态与治疗研究中出现的基因与突变。
BRD2（含溴结构域蛋白 2）
在患者来源异种移植模型中，PTEN 缺失使 BRD2 被招募至 MES 基因启动子；基因敲除 BRD2 溴结构域可逆转 MES 转变并提高放射敏感性。
1 条文献 · 2 个专题 · 3 条关系
CDK4（细胞周期蛋白依赖性激酶 4）
Neftel 等发现 CDK4 扩增倾向于 NPC 样胶质母细胞瘤状态。
0 条文献 · 2 个专题 · 1 条关系
EGFR（表皮生长因子受体）
EGFR 扩增是影响 Neftel 研究中胶质母细胞瘤细胞状态比例的遗传改变之一（另有 CDK4、PDGFRA 与 NF1）。
0 条文献 · 1 个专题 · 0 条关系
H3 K27M 突变
定义 H3K27M 胶质瘤（弥漫性中线胶质瘤）的组蛋白 H3 K27M 突变。单细胞研究描述了这些肿瘤的发育与 OPC 样程序，并绘制了其细胞状态与空间组织随年龄和部位的变化。
2 条文献 · 1 个专题 · 2 条关系
NF1（神经纤维瘤蛋白 1）
在 Neftel 胶质母细胞瘤框架中，NF1 改变倾向于 MES 样状态；各状态比例受 CDK4、EGFR、PDGFRA 扩增与 NF1 突变影响。
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OLIG2（少突胶质细胞转录因子 2）
scFOCAL 将 GBM 细胞状态与药物特征谱关联，并识别出 OLIG2 抑制剂联合 Depatux-M 的状态特异敏感性组合。
1 条文献 · 1 个专题 · 0 条关系
PDGFRA（血小板衍生生长因子受体 α）
Neftel 等发现 PDGFRA 扩增倾向于 OPC 样胶质母细胞瘤状态。
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PTEN（磷酸酶与张力蛋白同源物）
在患者来源异种移植模型中，PTEN 缺失使 BRD2 被招募至 MES 基因启动子。
0 条文献 · 1 个专题 · 1 条关系
通路与程序
转录程序、信号通路与微环境条件。
AP-1 转录因子复合物
在 86 对患者配对的原发-复发胶质母细胞瘤中，复发时向间充质表型的转变被报道由 AP-1 介导。
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缺氧
文献库中的空间研究报告：GBmap 中缺氧依赖的生态位与不良预后相关；缺氧协调 GBM 中髓系细胞的空间分布；细胞状态分层似受缺氧驱动。
1 条文献 · 2 个专题 · 2 条关系
NF-κB 信号通路
文献库专题文本将 BRD2/NF-κB 信号与胶质母细胞瘤向 MES 样状态的转变相关联；该关联来自异种移植与细胞模型。
0 条文献 · 1 个专题 · 1 条关系
方法与概念
实验技术、计算方法、评估概念与治疗方式。
基于智能体的建模
将单个细胞作为智能体进行模拟的机制性方法；文献库收录 PhysiCell 多细胞模型的人类可读语法，以及 GBM 细胞生物物理与氧场的智能体混合模型。
2 条文献 · 0 个专题 · 0 条关系
CRISPR 干扰（CRISPRi）
在小鼠 GBM 模型体内 Perturb-seq 平台中经颅内递送的基因沉默扰动。
0 条文献 · 2 个专题 · 0 条关系
数字孪生（肿瘤）
针对个体肿瘤或模型系统校准、用于模拟生长与治疗反应的计算模型；文献库中的例子有 TumorTwin、GBM 异种移植的解剖感知模拟，以及蛋白组校准的 GBM…
4 条文献 · 1 个专题 · 1 条关系
单细胞基础模型
在单细胞数据上预训练的大模型，如 scGPT、Geneformer 与 scFoundation。文献库中的基准研究报告其零样本表现有限，且在扰动预测上尚不能稳定超越简单基线。
25 条文献 · 3 个专题 · 3 条关系
计算机模拟扰动（in silico perturbation）
在训练好的模型中以计算方式预测基因扰动的效应，例如 Geneformer 的 in silico 删除；Nature Protocols…
3 条文献 · 0 个专题 · 1 条关系
简单线性基线
用作扰动预测参照的简单线性模型。Ahlmann-Eltze 等报告深度学习基因扰动预测尚未超越它们，后续预印本报告该基线差距仍然存在。
3 条文献 · 3 个专题 · 2 条关系
数学与机制建模
胶质瘤的经典与多尺度机制模型，包括 Swanson 增殖-侵袭模型、基于 DTI 的沿白质束扩散模型、基于 scRNA-seq 的 GBM…
5 条文献 · 2 个专题 · 0 条关系
Neftel 四状态框架
Neftel 等（2019）的框架：结合 28 例肿瘤单细胞 RNA 测序与 401 例 TCGA 批量数据，GBM 恶性细胞主要处于四种状态（NPC 样、OPC 样、AC…
1 条文献 · 4 个专题 · 1 条关系
Neftel 元模块
定义 Neftel 四种状态的基因表达特征；用于 GlioState 对公开 GSE131928 数据的再分析，其中状态判定为特征得分判定，并非真值。
0 条文献 · 1 个专题 · 4 条关系
类器官药物筛选
文献库收录自动化、个体化的 GBM 肿瘤类器官药物筛选平台，以及模拟 GBM 类器官替莫唑胺反应的 DELPHAI（预印本）。
1 条文献 · 1 个专题 · 1 条关系
Perturb-seq（扰动单细胞测序）
单细胞扰动筛选方法。小鼠 GBM 模型中的体内 CRISPRi Perturb-seq 沉默了肿瘤生长驱动基因与放疗敏化基因；K562/RPE1 的全基因组规模…
7 条文献 · 3 个专题 · 1 条关系
扰动反应预测
预测基因或药物扰动后的转录反应，如 GEARS、CPA 与 State 所做。独立基准研究报告深度学习模型尚不能稳定超越简单线性基线。
12 条文献 · 2 个专题 · 6 条关系
放射治疗
文献库 GBM 研究中常见的治疗方式：小鼠体内 Perturb-seq 显示放疗重塑对基因扰动的转录反应；BRD2…
2 条文献 · 3 个专题 · 3 条关系
单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）
文献库中多数细胞状态研究与图谱的基础技术，例如 Neftel 对 28 例肿瘤的研究与逾百万细胞的 GBmap 图谱。
16 条文献 · 2 个专题 · 0 条关系
空间转录组学
带组织空间坐标的基因表达谱技术。文献库中的研究用其描述 GBM 的多层组织、生态位以及从核心到边缘的细胞状态；GBmap 在单细胞图谱之外加入高分辨率空间转录组。
7 条文献 · 1 个专题 · 0 条关系
系统性差异（评估概念）
Systema 显示，扰动细胞与对照细胞之间的系统性差异可能导致遗传扰动反应预测性能被高估。
1 条文献 · 2 个专题 · 1 条关系
虚拟细胞挑战赛
Arc 研究所发起的公开基准竞赛，被称为虚拟细胞的“图灵测试”；2026 年度赛事评测跨细胞情境的零样本泛化（6 个未见细胞系）。
5 条文献 · 1 个专题 · 1 条关系
虚拟细胞世界模型（VCWM）
提出以持久的多模态“世界模型”作为虚拟细胞的操作性定义，以区别于任务特异的预测器。
4 条文献 · 1 个专题 · 2 条关系
零样本评估
在不做任务特异微调的情况下评估预训练模型。Kedzierska 等报告 scGPT 与 Geneformer 在此设定下的局限；虚拟细胞挑战赛 2026…
4 条文献 · 2 个专题 · 2 条关系
药物
文献库研究中出现的治疗药物。
替莫唑胺（TMZ）
用于胶质母细胞瘤的化疗药物。DELPHAI（预印本）模拟 GBM 类器官对替莫唑胺的反应；替莫唑胺特异的单细胞扰动数据仍然稀缺。
1 条文献 · 3 个专题 · 2 条关系
模型
计算模型与实验模型系统。
AI 虚拟细胞（AIVC）
旨在模拟细胞状态在扰动下如何变化的模型。Bunne 等（Cell，2024）将其定义为基于多模态、多尺度通用细胞表征并作为“虚拟实验仪器”的模型；它仍是研究目标，而非已验证的工具。
9 条文献 · 1 个专题 · 2 条关系
AIDO.Cell
GenBio AI 的稠密、转录组规模上下文单细胞模型系列，也被介绍为通用细胞模拟器。
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AlphaCell
使用最优传输条件流匹配的全基因组虚拟细胞世界模型，用于跨情境扰动动态（预印本）。
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Cell2Sentence / C2S-Scale
将细胞表示为文本供大语言模型使用的方法；C2S-Scale 将其扩展到 270 亿参数，用于单细胞分析与虚拟筛选（预印本）。
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CellOT
用神经最优传输学习单细胞扰动反应的方法。
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CPA（组合扰动自编码器）
用于药物、剂量与组合反应预测的组合扰动自编码器。
1 条文献 · 1 个专题 · 1 条关系
DELPHAI
预测药物反应与耐药的 AI 智能体，模拟 GBM 类器官对替莫唑胺的反应（预印本）。
1 条文献 · 3 个专题 · 2 条关系
患者来源 GBM 类器官
实验模型系统。患者来源 GBM 类器官生物库再现肿瘤间与肿瘤内异质性；Core2Edge 将类器官与脑片结合以模拟浸润；类器官被用于药物筛选与替莫唑胺反应建模。
5 条文献 · 2 个专题 · 3 条关系
GEARS
基于知识图谱的图神经网络，预测新的多基因扰动结果。
1 条文献 · 1 个专题 · 1 条关系
GeneCompass
面向基因调控机制的知识引导跨物种基础模型（中国科学院）。
1 条文献 · 0 个专题 · 0 条关系
Geneformer
面向单细胞数据的上下文感知 Transformer，支持 in silico 删除与网络预测；Nature Protocols 文章介绍了用它发现靶点。零样本评估报告其存在局限。
5 条文献 · 1 个专题 · 3 条关系
Nicheformer
面向单细胞与空间组学的基础模型（Theis 实验室，Nature Methods 2025）。
1 条文献 · 0 个专题 · 0 条关系
患者来源异种移植（PDX）模型
实验模型系统：BRD2 的相关发现（BRD2 溴结构域敲除逆转 MES 转变）基于该系统，也是患者特异 GBM 异种移植解剖感知模拟的基础。
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PerturbLDM
在 Tahoe-100M 上预训练的条件潜扩散模型，用于跨药物、剂量与细胞系的单细胞扰动反应（预印本）。
1 条文献 · 0 个专题 · 1 条关系
scBERT
较早的用于单细胞 RNA-seq 细胞类型注释的大规模预训练语言模型（预印本）。
1 条文献 · 0 个专题 · 0 条关系
scFOCAL / ISOSCELES
将胶质母细胞瘤单细胞状态与 LINCS L1000 药物特征谱关联，以预测状态特异的敏感与耐药；论文报告了体外、离体和体内验证。
1 条文献 · 4 个专题 · 2 条关系
scFoundation
在约 5000 万人类细胞上训练的 1 亿参数基础模型（清华/BioMap）。
1 条文献 · 1 个专题 · 1 条关系
scGen
较早的基于变分自编码器的单细胞扰动反应预测模型。
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scGPT
在 3300 万个细胞上训练的生成式预训练 Transformer（Bo Wang 实验室）；另有空间转录组持续预训练变体…
3 条文献 · 1 个专题 · 2 条关系
State（Arc 研究所）
Arc 研究所的虚拟细胞模型：状态嵌入加转变模型，用于跨 70 种情境的扰动反应预测（Cell 2026；此前有 bioRxiv 预印本）。
5 条文献 · 2 个专题 · 1 条关系
TranscriptFormer
CZI 的生成式跨物种细胞图谱模型，在 12 个物种的 1.12 亿个细胞上训练（预印本）。
4 条文献 · 0 个专题 · 0 条关系
TumorTwin
用于患者特异肿瘤数字孪生的开源模块化 Python 框架，在高级别胶质瘤生长与放疗反应上做了演示。
1 条文献 · 1 个专题 · 2 条关系
TxPert
利用多种知识图谱预测转录组扰动效应的模型。
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通用细胞嵌入（UCE）
跨物种、零样本细胞嵌入基础模型（预印本；Leskovec/Quake）。
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X-Cell（Xaira）
Xaira 的 49 亿参数扩散模型，用于扰动预测并报告缩放规律（预印本）；其超越线性基线的说法尚未经同行评审。
4 条文献 · 1 个专题 · 2 条关系
数据集
图谱、扰动资源与数据平台。
CellFM-datasets
用于预训练单细胞与空间转录组基础模型的统一数据基础设施。
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CZ CELLxGENE Discover
托管逾 1 亿个细胞的单细胞数据平台，包含胶质瘤数据集。
1 条文献 · 1 个专题 · 0 条关系
患者来源 GBM 类器官生物库
再现肿瘤间与肿瘤内异质性的患者来源胶质母细胞瘤类器官生物库（Jacob 等）。
1 条文献 · 1 个专题 · 1 条关系
GBmap
IDH 野生型胶质母细胞瘤的统一单细胞与空间参考图谱，整合 26 个数据集（逾 110 万细胞、240 例患者），报告 7 种肿瘤生态位；缺氧依赖的生态位与不良预后相关。
1 条文献 · 2 个专题 · 1 条关系
GSE131928（Neftel 等 GEO 数据集）
Neftel 等胶质母细胞瘤单细胞数据的 GEO 数据集：来自 28 例肿瘤的 Smart-seq2（7,930 个细胞）与 10X（16,201…
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LINCS L1000 药物特征谱
scFOCAL 将其与 GBM 单细胞状态整合以预测状态特异药物敏感性的药物诱导表达特征资源。
1 条文献 · 2 个专题 · 1 条关系
全基因组规模 Perturb-seq（K562/RPE1）
K562 与 RPE1 细胞中的全基因组规模 Perturb-seq 数据（Replogle 等）；当前模型的主要训练与基准资源，来自细胞系而非脑肿瘤细胞。
1 条文献 · 1 个专题 · 0 条关系
scBaseCount
Arc 研究所由 AI 智能体整理、标准化并自动更新的单细胞数据仓库。
1 条文献 · 0 个专题 · 0 条关系
Tahoe-100M
包含 1 亿个细胞的单细胞扰动图谱，涵盖 50 个癌细胞系中的 1,100 种药物（预印本；Cell 2026 正式发表）。并非以 GBM 为重点。
3 条文献 · 1 个专题 · 1 条关系
X-Atlas/Orion
Xaira 在可扩展的固定冷冻平台上生成的全基因组 Perturb-seq 数据集，用于训练剂量依赖的基础模型。
1 条文献 · 0 个专题 · 0 条关系
疾病
文献库涉及的肿瘤类型。
脑转移瘤
文献库条目包括非小细胞肺癌脑转移瘤的单细胞与空间图景，以及脑转移微环境中少突胶质细胞脂肪酸重塑的研究。
4 条文献 · 0 个专题 · 0 条关系
弥漫性中线胶质瘤，H3 K27 改变型（DMG）
文献库条目涵盖 H3-K27M 突变 DMG 的细胞状态及其随年龄与部位的空间组织，以及一项儿童 DMG 的生成式 AI MRI…
4 条文献 · 2 个专题 · 1 条关系
胶质母细胞瘤（GBM）
文献库中细胞状态、图谱、扰动与数字孪生条目所涉及的主要肿瘤类型；GBmap 覆盖 IDH 野生型 GBM。
22 条文献 · 7 个专题 · 6 条关系
IDH 突变型胶质瘤
IDH 突变型胶质瘤的单细胞研究描述了其独特的谱系与微环境结构；一项状态分辨图谱报告了恶性与免疫结构中与 IDH 相关的差异。
3 条文献 · 1 个专题 · 0 条关系
髓母细胞瘤
文献库条目包括髓母细胞瘤细胞结构与发育起源的单细胞基因组学研究，以及 2026 年关于发育层级的空间与单细胞研究。
3 条文献 · 0 个专题 · 0 条关系
脑膜瘤
文献库条目包括脑膜瘤演化的纵向单细胞轨迹、硬脑膜与脑膜瘤的单细胞图谱，以及脑膜瘤单细胞基因组学综述。
3 条文献 · 0 个专题 · 0 条关系
儿童高级别胶质瘤（pHGG）
文献库收录儿童高级别胶质瘤的纵向单细胞与空间多组学图谱；其动态可能与成人 GBM 不同。
1 条文献 · 0 个专题 · 0 条关系
机器可读：/entities.json、/api/entities/<slug>.json、graph.json、graph.jsonld、schema.json。