胶质母细胞瘤单细胞与空间数据集
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研究问题
- 胶质母细胞瘤有哪些单细胞与空间数据集？
- GBmap 是什么？
- GBM 数据是否足以训练虚拟细胞？
当前认识
文献库收录了 GBM 统一参考图谱（GBmap，来自 240 名患者的逾 110 万个细胞）、原发-复发与空间研究以及 GBM 类器官库。观察性图谱较多，配对扰动数据稀缺。
GBmap 整合 26 个数据集的单细胞 RNA 测序（逾 110 万个细胞、240 名患者）构建统一图谱，并加入高分辨率空间转录组，报告了 7 种肿瘤生态位，其中缺氧依赖的生态位与不良预后相关。 VC0060
其他关键资源：Neftel 单细胞研究（28 例肿瘤）、86 对原发-复发配对的多组学图谱、胶质瘤组织结构的空间转录组/蛋白组、肿瘤-宿主相互依存的空间多组学，以及髓系细胞空间图谱。 VC0059 VC0069 VC0061 VC0062 VC0094
数据平台与模型系统：CZ CELLxGENE Discover 在逾 1 亿个细胞中收录了胶质瘤数据集；患者来源的 GBM 类器官库再现了肿瘤间与肿瘤内异质性。 VC0043 VC0067
就虚拟细胞训练而言，瓶颈在于 GBM 中“扰动→状态”的配对数据；小鼠 GBM 模型中的体内 Perturb-seq 是少见的例子。 VC0070
证据图谱
原始研究与数据集
- VC0060 Charting the single-cell and spatial landscape of IDH-wild-type glioblastoma with GBmap. — Ruiz-Moreno C et al., Neuro-oncology, 2025
- VC0059 An Integrative Model of Cellular States, Plasticity, and Genetics for Glioblastoma. — Neftel C et al., Cell, 2019
- VC0069 A single-cell atlas of glioblastoma evolution under therapy reveals cell-intrinsic and cell-extrinsic therapeutic targets. — Wang L, Jung J, Babikir H, Shamardani K, Jain S, Feng X, Gupta N, Rosi S, Chang S, Raleigh D, Solomon D, Phillips JJ, Diaz AA., Nature cancer, 2022
- VC0061 Integrative spatial analysis reveals a multi-layered organization of glioblastoma. — Greenwald AC et al., Cell, 2024
- VC0062 Spatially resolved multi-omics deciphers bidirectional tumor-host interdependence in glioblastoma. — Ravi VM et al., Cancer cell, 2022
- VC0094 Hypoxia coordinates the spatial landscape of myeloid cells within glioblastoma to affect survival. — Haley MJ et al., Science advances, 2024
- VC0092 · 预印本 Mapping the spatial architecture of glioblastoma from core to edge delineates niche-specific tumor cell states and intercellular interactions — Khan SM et al., bioRxiv, 2025
- VC0093 · 预印本 Spatial epigenomic niches underlie glioblastoma cell state plasticity — Kint S et al., bioRxiv, 2025
相关模型与工具
- VC0043 CZ CELLxGENE Discover: a single-cell data platform for scalable exploration, analysis and modeling of aggregated data. — CZI Cell Science Program et al., Nucleic acids research, 2025
- VC0067 A Patient-Derived Glioblastoma Organoid Model and Biobank Recapitulates Inter- and Intra-tumoral Heterogeneity. — Jacob F et al., Cell, 2019
- VC0096 Core2Edge: a human glioblastoma organoid-brain slice model capturing infiltration and transcriptional heterogeneity from core to single-cell dispersion. — Melhem A et al., Nature protocols, 2026
扰动与验证证据
- VC0070 In vivo perturb-seq of cancer and microenvironment cells dissects oncologic drivers and radiotherapy responses in glioblastoma. — Liu SJ et al., Genome biology, 2024
本页引用文献库条目 12 条，其中预印本（未经同行评审）2 条。
关系
实体之间的类型化关系，每条均有文献库条目支撑（角色＝该条目与关系的关联方式）。低置信度行需编辑复核。 全部实体 →
本页涉及的实体
- CZ CELLxGENE Discover 数据集
- 患者来源 GBM 类器官生物库 数据集
- 患者来源 GBM 类器官 模型
- GBmap 数据集
- 胶质母细胞瘤 疾病
- 缺氧 通路与程序
- Neftel 四状态框架 方法与概念
- Perturb-seq 方法与概念
- 单细胞 RNA 测序 方法与概念
- 空间转录组学 方法与概念
尚不确定之处
GlioState 未核验各数据集的登录号、访问条件与许可，请以原文为准。
整合 26 个数据集涉及批次与注释统一的选择，可能影响状态判定。 VC0060
文献库中两项 GBM 空间资源为预印本。 VC0092 · 预印本 VC0093 · 预印本
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